农用微生物菌剂就是将目标微生物经过工业化生产扩繁后加工制成的活菌菌剂。它具有直接或间接改良土壤、恢复地力、维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用；应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的共供应量或促进植物生长、改善品质及农业生态环境。
微生物菌剂按照内含的微生物菌种或功能特性分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、催生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂。
产品按剂型分为液体、粉剂、颗粒型。
GB20287-2006微生物菌剂国标要求，微生物菌剂检测可分为技术指标和无害化两大类。具体检测项目见表1、表3要求：
由于化肥的大量使用，化肥利用率一直在下降，单靠大量增加化肥施用量来提高作物产量是有限的，还有环境污染等一系列的问题。微生物菌剂有着独特的作用。根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥和化肥配合使用，不仅可以保证增产，减少化肥的使用量，改善土壤和作物的品质，减少污染。
微生物菌剂的功效：
1、提高产量。实践证明，微生物菌剂特定的肥料效应不仅为农作物提供营养元素，其有效菌还能分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等活性物质，刺激、调节、促进作物的生长发育，有利于农作物增产。
西红柿用微生物菌剂提升品质
2、改善品质。微生物菌剂能有效地改善农产品品质。实践证明，施用微生物肥料收获的农产品，蛋白质、糖分、维生素、氨基酸等有益成份含量明显提高，籽粒、果实丰满光滑，蔬菜果品色泽亮丽，
既好吃又好看，价值还高。有的微生物肥料产品，还可以减少硝酸盐的积累，提高农产品的安全性。
3、增强作物的抗逆性能。大多微生物菌剂中的有效菌，具有分泌抗生素类物质和多种活性酶的功能，能抑制或杀死致病菌，降低病害发生及增强作物的抗逆性，如可增强农作物的抗旱、耐寒、抗倒伏、防病及抗盐碱能力，还能有效预防作物生理性病害的发生。
4、提高化肥利用率。微生物菌剂有效菌大多能分解土壤中有机质，有机质分解过程中生成腐殖酸，腐殖酸与土壤中的氮形成腐殖酸铵，可减少氮肥的流失。解钾溶磷有效菌能将土壤中固化的化学钾肥、化学磷肥分解转化为速效钾、速效磷，提高其利用率，降低生产投入，减少资源浪费。[3]
5、改善土壤养分。微生物菌剂有效菌能够促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分的供应能力。有效菌所分泌胞外多糖物质，是土壤团粒结构的粘合剂，能够增强土壤团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分，改善土壤中养分的供应状况。
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