进口食品境外生产企业注册的申请方式包括所在国家（地区）主管当局推荐和企业申请两种，申请材料有所区别。
18类食品的境外生产企业
（18类食品包括肉与肉制品、肠衣、水产品、乳品、燕窝与燕窝制品、蜂产品、蛋与蛋制品、食用油脂和油料、包馅面食、食用谷物、谷物制粉工业产品和麦芽、保鲜和脱水蔬菜以及干豆、调味料、坚果与籽类、干果、未烘焙的咖啡豆与可可豆、特殊膳食食品和保健食品）应由所在国家（地区）主管当局对企业进行审核检查，确认符合注册要求后，向海关总署推荐并提交申请材料。
申请材料包括：所在国家（地区）主管当局推荐函；企业名单与企业注册申请书；企业身份证明文件，如所在国家（地区）主管当局颁发的营业执照等；所在国家（地区）主管当局推荐注册企业符合本规定要求的声明；所在国家（地区）主管当局对相关企业进行审核检查的审查报告。
必要时，海关总署可以要求提供企业食品安全卫生和防护体系文件，如企业厂区、车间、冷库的平面图，以及工艺流程图等。
其他食品境外生产企业
（上述18类食品以外）
应当自行或者委托代理人向海关总署提出申请并提交申请材料。
申请材料包括：企业注册申请书；企业身份证明文件，如所在国家（地区）主管当局颁发的营业执照等；企业承诺符合本规定要求的声明。
