报关单是进出口收发货人或其代理人根据货物的实际情况向中国海关申报进出口货物报关的单据，所有的报关单都是有多联的；一般根据不同的报关性质每一联都有特定的作用，包括：留存联（企业留存和海关留存），付汇联（用于付出外汇时外汇局核销），收汇联（用于收到外汇时向外汇局核销），退税联（出口货物退税用），加工贸易还有企业核销联，等等。。根据不同的报关方式和性质报关单的颜色会不同，并且联数计作用也会不同。其中，付汇联和收汇联有些关区已经取消。
上面可以看出报关单是海关用于监管企业进出口，核准收付汇，核准税费及统计等用途的。
而备案清单则一般用于货物在海关监管区域时的申报备案；
1、举个例子来说：
进口：
货物从美国进口到中国口岸，直接在口岸申报后货主缴税，海关放行后货主提货了，这时的申报就是报关单；报关单是用于发生了实际的贸易的情况下申报的，用于--清关--。
而货物从美国进口到中国口岸的某保税仓内，则此时的申报就是进境备案清单，因为进入保税仓内表示货主并未有得到实际货权，此货物还是在海关的监管范围内的，货主在没有海关的同意下或清关前是不能轻易动货物的。货物的性质属于--未清关完成--；而货物要从保税园区或保税物流中心出来进入到guoneishichang就必须再申报一次报关单。
出口：
国内的货物从中国出口到美国，直接上码头或者机场，这种就是报关单；
而国内的货物先运入保税区，此时会使用报关单，因为一般保税区或保税物流园区都是视同出口的，也就是说进入保税区则已经出口，正式的申报需要报关单，而试想一下，货物仍然在中国，并没有离开中国关境，而到货主决定要实际出口从保税园区到外国的时候，这就是使用备案清单了，因为这个货物已经在进入保税区的时候申报了正式的报关单，实际出口时则只需要“备案”。
从以上可以看出，报关单是用于实际申报，在发生了贸易交换的情况下申报；
备案清单则是用于在保税或其他海关监管区域停留时申报的用于“数据”备案的清单；
性质不同，且申报的内容也有一些出入，备案清单申报要填写的相对比报关单要少，因为申报备案清单就意味着这个货物仍然在海关的监管下，报关单一般可以理解为要摆脱海关的监管了，（申报进口报关单后货物直接流入中国市场，申报出口报关单后货物运输出境外）报关单申报的填写内容要相对多点，并且要提供的资料也更多。
（以上报关单和备案清单的区别都是按照一般贸易来的，加工贸易等有稍许不同。）
转关单则是一种性质的单证了；
报关单和备案清单都是进出口贸易收发货人或者其代理人申报的，而转关单是用于中国各个关区间转关海关内部签发的凭证。
2、举例子：
有货物从外国进口到深圳口岸，实际货主在湖南长沙，且因为各种原因希望在长沙海关申报，则就需要深圳海关签发转关单到长沙海关，转关单上有关锁号，货物上关锁，运输到长沙后长沙海关将凭借上海海关签发的转关单受理，并且要核对转关单及海关内部系统信息是否一样，关锁号是否一样等。
转关单一般由运输承运人从转出地海关带到转入地海关，也有要报关行快递的。。
报关单和备案清单是向海关申报货物的，其中报关单用于正式清关，备案清单用于海关监管范围内的申报；
转关单是在中国海关转出地海关A签发的给转入地海关B的凭证。。用于海关核销。
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