两种工艺都可以用于处理烷烃、芳香烃、酮、醇、酯、醚、部分含氮化合物等有机废气。含硫磷类废气会使催化剂中毒，不适合用CO处理，而如果忽略含硫磷废气燃烧时对设备仪表的少量腐蚀，可以限制性的使用RTO处理。由于处理温度均＜1150℃，两种工艺都不能用于处理含卤代烃废气以避免产生二噁英。部分类似硅烷类的废气因为燃烧后生成的固体尘灰会堵塞催化剂或蓄热陶瓷或切换阀密封面，RTO和CO都不能使用。含漆雾粉尘类废气要预过滤以避免切换阀关不紧、蓄热体阻塞等现象，RTO的预处理要过滤到至少F6级；而CO处理废气主流通道上无切换阀，加上可以采用让废气流速较高粉尘不易结存、定期给整个系统升温回火将粉尘剥离分解等方法，CO的预处理只需简单过滤到G4级。因为含易自聚有机物(如丁二烯、丙烯酸酯等)废气会影响到切换阀的有效开闭，也可能在位于废气进口处的蓄热体上低温沉积，使用RTO处理该类废气时会有安全隐患，而CO则不受影响。VOC监测原理图：
系统预处理：
VOC-CEMS系统预处理装置采用直接抽取、全程高温伴热技术，将样品（废气）通过采样、保温伴热、除尘、稳压、温流之后直接送入气相色谱分析仪中进行检测分析。整个采样预处理过程有效的减少了样品在传输过程中的损失，保证检测结果的准确性。针对有机废气具有水汽含量高、浓度大、工况复杂等特点，系统采用全程高温法进行样品的传输。从探头、伴热管线到分析仪器内部均采用175℃以上高温伴热，保证测量组分无损失。高温伴热的样品直接进入到色谱系统进行分析检测，得到分析检测结果。